作者：刘庆坡; 薛庆中水稻叶绿体基因组密码子使用对应分析基因表达水平
摘要：基因组密码子使用受多种因素的影响，本试验通过对应分析探讨了若干重要因子对粳稻品种“日本晴”叶绿体全基因组序列密码子用法的效应。结果指出，在影响最大的第一条向量轴上，基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)和GC3s极显著相关(r=0.85^**和-0．804^**)，而CAI与GC3s高度负相关(r=-0．917^**)；说明基因表达水平的高低是影响密码子使用的主要因素，并且高表达的基因强烈偏好使用以T或A结尾的密码子。基因编码区碱基组成的影响力远不及基因的表达水平，G+C含量与ENC、CAI以及第一条向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0．344^**、-0．422^**和-0．421^**；相关性测验和方差分析均表明基因长度对密码子的使用影响不大，估计与那些编码未知功能的ORFs的存在有关；复制转录对密码子的使用没有明显的选择。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合，确定了TGT和GAA等12个密码子为叶绿体基因组的主要偏爱密码子。
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