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高通量测序法检测奶牛乳房炎关联微生物群落结构及多样性

作者:曾学琴; 柳陈坚; 杨雪; 李晓然奶牛乳房炎乳头牛奶微生物多样性

摘要:为对引起奶牛乳房炎的病原菌进行溯源,对乳房炎奶牛和正常奶牛的乳头擦拭子和牛奶中细菌的16SrRNA基因的V4-V5高变区进行扩增和高通量测序,使用生物统计学方法分析微生物多样性。结果显示,乳房炎奶牛乳头和牛奶中微生物组成呈现明显差异:在门的水平上,乳头丰度最高的是厚壁菌门(Firmicutes),牛奶则是变形菌门(Proteobacteria),乳头样品均含有拟杆菌门(Bacteroidetes)细菌,而牛奶中几乎没有,梭杆菌门(Fusobacteria)细菌仅存在于乳头中;在属的水平上,梭杆菌属(Fusobacterium)仅在乳头上检测到,牛奶中丰度最高的为假单胞菌属(Pseudomonas)细菌,其仅存在于2个乳头样品中,不动杆菌属(Acinetobacter)细菌在两类样品中都有,但乳头的含量高于牛奶。奶牛患乳房炎后乳头和牛奶的微生物群落与正常奶牛也有差异:梭杆菌门(Fusobacteria)仅在乳房炎奶牛乳头中检测到,正常奶牛没有,乳房炎奶牛乳头金黄色酿脓葡萄球菌属(Staphylococcus)丰度高于正常奶牛,肠球菌属(Enterococcus)仅在乳房炎奶牛牛奶中检测到,正常奶牛没有。奶牛乳头与牛奶中的微生物群落差异极大,奶牛患乳房炎后乳房外和乳房内微生物组成都会发生变化,外源病原菌和内源病原菌都可能引起乳房炎。

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浙江农业学报

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