0
0
作者：李鸥; 徐华; 马倩; 王旭; 尹忠; 吴玲玲; ...krupple样因子15肾系膜细胞染色质免疫沉淀联合高通量测序技术稳定同位素标记细胞培养技术小类泛素样修饰分子1
摘要：目的利用ChIP-seq和SILAC-LC/MS技术寻找Krupple样因子（KLF15）的靶向基因及其结合位点。方法 （1）利用染色质免疫沉淀技术（ChIP）特异性富集并纯化人原代肾系膜细胞（HRMC）中可与KLF15结合的DN段,通过高通量测序技术（Hi Seq）检测和分析,得到直接与KLF15结合的基因;（2）利用稳定同位素标记细胞培养技术（SILAC）,重链和轻链同位素标记的培养HRMC,分别对重链实验组（HK）转染KLF15质粒,轻链对照组（LC）转染空载体对照,收集蛋白进行液质谱（LC/MS）检测,得到过表达KLF15后的差异蛋白;（3）对ChIP-seq及SILAC结果进行GO和Pathway分析,同时将二者进行交集筛选出KLF15的靶向基因,而后利用http：//meme.edi.edu.au/网站获得靶基因的Modifs并对候选基因小泛素样修饰因子1（SUMO1）进行ChIP-PCR及双荧光素酶验证。以SPSS 17.0统计软件进行统计学分析。结果 ChIP-seq获取了2 478个KLF15直接调控的可能靶向基因,SILAC-LC/MS检测到KLF15过表达后有1 357个差异蛋白,综合ChIP和SILAC结果,我们分析得到52个共同差异表达的基因和（或）蛋白及其3个modifs,其中5个蛋白参与细胞增殖相关进程;结合GO和Pathway分析结果,最终筛选出SUMO1作为KLF15调控系膜细胞增殖的靶向基因。Motif分析发现SUMO1启动子区存在KLF15的结合序列;利用ChIP-PCR和双荧光素酶报告基因验证KLF15转录因子可以直接结合SUMO1的启动子区并发挥作用。结论 KLF15通过结合SUMO1的启动子区,调节SUMO1的表达。
注：因版权方要求，不能公开全文，如需全文，请咨询杂志社
