作者：杜文义; 胡建平; 左柯; 刘嵬; 梁立; 代田...羟基异吲哚酮类衍生物分子对接分子动力学模拟构象分析
摘要：为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化，采用AutoDock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接，并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16ns的分子动力学模拟。基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力，通过分析氢键以及构象的变化，发现氨基酸残基N155与D64之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的DDE基序结构稳定的关键。另外，氨基酸残基Y143所在的loop区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体一配体识别的过程中具有重要的作用。
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