作者：黄玥萌; 郑海英; 杨春艳; 黄加祥; 鄢胜飞...摩拉水牛prkaa2基因snp常规测序
摘要：为研究水牛蛋白激酶AMP活化的催化亚基α2（protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2,PRKAA2）基因多态性,本试验以摩拉水牛和尼里-拉菲水牛基因组DNA为模板,扩增PRKAA2基因外显子4及内含子3部分序列,通过常规测序法检测其SNP并进行遗传多样性分析。结果发现,PRKAA2基因外显子4内存在1个SNP位点（c.462G〉A）,PRKAA2基因内含子3部分序列存在3个SNPs位点（IVS3.557T〉C、IVS3.560C〉T和IVS3.565G〉A）。经遗传多样性分析表明,在c.462G〉A位点的野生纯合型和杂合型比突变纯合型更有优势,IVS3.557T〉C和IVS3.560C〉T位点的突变纯合型为非优势基因型,IVS3.565G〉A位点杂合型为优势基因型。IVS3.565G〉A位点在摩拉水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态;c.462G〉A位点在尼里-拉菲水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态。4个SNPs位点在摩拉水牛群体中均为中度多态;c.462G〉A、IVS3.557T〉C位点在尼里-拉菲水牛群体中为低度多态,IVS3.560C〉T、IVS3.565G〉A位点为中度多态。IVS3.557T〉C位点在两个水牛群体中杂合度较低。说明摩拉水牛IVS3.565G〉A位点和尼里-拉菲水牛c.462G〉A位点的基因型频率和基因频率遗传状态不平衡,尼里-拉菲水牛群体中IVS3.557T〉C位点遗传变异小,选择潜力不高。4个多态位点可以构建5种单倍型,其中T-C-G-G是摩拉水牛群体和尼里-拉菲水牛群体的优势单倍型。综上,本研究检测的摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因上4个SNPs位点可为水牛标记辅助选择育种提供参考。
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