作者：向华; 宣华; 王文成; 李尚波; 魏广森兔出血症病毒cd株衣壳蛋白vp60基因克隆序列分析
摘要：以兔出血症病毒CD株人工感染家兔,发病死亡后,取肝脏匀浆,用Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒RNA.根据GenBank已发表序列保守区设计并合成引物,采用RT-PCR方法扩增了RHDV衣壳蛋白VP60基因.将所扩增片段克隆到pMD18-T载体上,并进行了序列测定,测序结果表明,CD株VP60基因全长1 740 bp.该序列与已发表的其他分布于世界各地的14株RHDV序列进行了比较和基因进化树分析.无毒株与各强毒株之间的同源性为85.3%～86.5%,强毒株间的同源性较高,为92.1%～100%.根据进化树可把强毒株分为2大群,一群为CD株、Iowa2000株、00-139株、99-05株,其余的为另一群.进一步细分,还可以分为4个亚群和7个组.但毒株之间的地域性差异并不明显.同时根据15株RHDV VP60基因的核苷酸序列推导了其所编码的氨基酸序列,并进行氨基酸序列的比较和亲水性、柔性区、抗原性和表面结构的比较分析.结果显示,各毒株氨基酸之间的的同源性在90.5%～100%之间,其中无毒株与各强毒株之间的同源性为90.5%～91.9%,强毒株间的同源性在95%～100%之间;氨基酸变异分析未发现突变造成的VP60蛋白高级结构的根本性变化.
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