作者：李研; 骆亚莉; 刘永琦; 冯彩琴; 靳晓杰; ...红芪分子对接
摘要：目的:基于分子对接的方法研究拮抗肿瘤坏死因子受体1(TNFR1)的红芪小分子化合物。方法:从相关中药化学成分化合物库下载红芪小分子化合物结构,进行结构优化,获得红芪成分化合物库;确定炎症靶点TNFR1三维结构(PDB ID:1TNR),进行加氢、去水等处理,根据文献确定结合口袋残基;根据确定的靶点结构和结合口袋,将成分化合物库与靶点进行柔性分子对接,获得打分值(Glide Score);基于分子对接结果,选择Glide Score前9个小分子化合物为候选成分,在此基础上进行类药性分析,即符合氢键受体数、氢键供体数量、分子量、可旋转键的数量、脂水分配系数的数值范围的小分子化合物;最后根据药代动力学参数及成分-靶点对接的复合物结构进行结合模式分析。结果:确定TNFR1药物结合口袋的残基组成为谷氨酸109(Glu109),赖氨酸35(Lys35),丙氨酸62(Ala62),丝氨酸74(Ser74),赖氨酸75(Lys75),半胱氨酸76(Cys76),精氨酸77(Arg77),谷氨酸82(Gln82),苏氨酸89(Thr89),天冬氨酸91(Asp91),精氨酸92(Arg92),天冬氨酸93(Asp93),苏氨酸94(Thr94),缬氨酸95(Val95),半胱氨酸96(Cys96),精氨酸104(Arg104),酪氨酸106(Tyr106),天冬酰胺110(Asn110),亮氨酸111(Leu111),苯丙氨酸112(Phe112),谷氨酸131(Glu131),赖氨酸132(Lys132);检索得到红芪43个小分子化合物;以对接打分等综合筛选出槲皮素、异甘草素、柚皮素、毛蕊异黄酮及甘草素5个红芪小分子化合物。结论:红芪抗炎的有效物质基础槲皮素、异甘草素、柚皮素、毛蕊异黄酮及甘草素具有成为TNFR1拮抗剂的较大可能性。
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