作者：马莉莉; 陈月季; 翟军军; 倪宏波牛病毒性腹泻病毒转录组学差异表达基因免疫通路
摘要：目的利用高通量测序技术(Illumina平台)对感染牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的MDBK细胞进行转录组学分析,并对筛选出的差异表达基因进行功能归类及相关分子机制研究。方法用BVDV感染MDBK细胞,分别在12、24、48和72 h收集细胞,提取总RNA进行转录组学分析。通过信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)及基因功能(Gene Ontology,GO)对差异基因进行功能的注释和富集分析。结果与未接毒的细胞相比,在0~12、13~24、25~48、49~72 h分别共有差异基因56、390、487、164个。感染病毒后12与24 h、24与48 h、48与72 h分别有9、55、270个相同差异基因;经KEGG和GO分析,在感染病毒24、48、72 h后,差异基因主要富集到P53、FoxO、NF-kB和PI3K-AKT信号通路等;筛选出感染后与免疫等相关的差异基因P21、FOXO1、GABARAPL1等,主要集中在细胞周期复制、凋亡和免疫等相关信号通路上。结论本研究通过对筛选出的差异表达基因初步归类分析,为后续BVDV感染MDBK细胞并在细胞内复制的相关分子机制研究奠定了基础。
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