胃癌组织中肿瘤相关成纤维细胞与正常成纤维细胞之间转录组学研究及验证

作者：陈学书; 袁航; 龙妮娅; 李雅洁; 张晓怡; ...胃癌肿瘤相关成纤维细胞转录组学生物信息学

摘要：胃癌组织中肿瘤相关成纤维细胞（carcinoma associated fibroblasts,CAFs）是胃癌微环境的重要成分,主要来源于正常成纤维细胞（normal fibroblasts,NFs）的活化,对胃癌的发生发展有重要作用,但是两者之间的基因表达差异并不完全清楚。本研究选取从人胃癌组织中分离获得的CAFs及NFs各3组,进行转录组学研究,筛选出3组细胞中交集且差异倍数较大的基因12个,用Omicsbean在线工具对差异基因进行Gene Ontology（GO）功能及KEGG通路富集,构建蛋白质相互作用调控网络;最后用RT-qPCR验证CAFs和NFs中差异基因的表达。结果显示,筛选出的12个差异表达基因主要参与NF-κB信号、炎症、细胞黏附、细胞表面受体和细胞因子等功能,上述功能均与肿瘤的发生发展密切相关。RT-qPCR检测发现,与NFs相比,CAFs中BCL2A1、NKX3-2、CXCL12、TNFAIP3、FOS、CDH4及CLDN1表达上调;ATF3、CYFIP2、CCL11、KLF2及GDF15基因表达下调,差异均具有统计学意义（P〈0.05）。结果提示,胃癌CAFs与NFs中存在肿瘤相关的差异表达基因,这些差异基因可能在胃癌微环境中发挥重要作用。

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