作者：杨庆文; 陈成斌; 张万霞; 时津霞; 任军方普通野生稻居群微卫星等位变异遗传结构矩阵相关检测
摘要：运用矩阵相关检测及聚类分析比较相结合的方法,在对广西玉林普通野生稻居群进行遗传结构分析中,从260至60每降低20个等位变异进行梯度取样,研究了不同SSR等位变异相似系数矩阵与总等位变异相似系数矩阵之间的相关关系.结果表明:1)当等位变异数为200时,居群内个体间的遗传关系与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数高达99.5%,达到极显著标准;如果将等位变异数梯度降低到10,则所有4个群体分别在等位变异数为180、190、210和200时与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数达到99.5%.2)当等位变异数减少到60时,其相关系数也达到95.0%的显著相关.3)所有4个群体在其相似系数达到99.5%时的聚类图与总变异数为277时的聚类图基本一致,只有个别样品在聚类图中的位置略有变化,但其相似系数为95.0%时聚类图与总变异数为277时的聚类图差异非常明显.因此,在进行普通野生稻居群遗传结构分析时,选择均匀分布于基因组的SSR引物并得到200个左右的等位变异时就能精确地获得居群内个体间的遗传关系.由于水稻SSR引物在野生稻居群遗传结构分析中的平均等位基因数约为4,所以,50对引物即能反映居群内个体间的遗传关系.
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