作者：吴彪; 赵庆; 刘寒苗; 刘志鸿; 孙秀俊; 孙...dna条形码帘蛤目比较分析有效性
摘要：DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从GenBank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据“10倍法则”和“2%”阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S rRNA能够鉴定60.9%,18S rRNA鉴定16.7%,而28S rRNA无法有效鉴定;多数种COI和16S rRNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在“条形码间隙”,而18S rRNA和28S rRNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显“条形码间隙”;聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S rRNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S rRNA和28S rRNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S rRNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S rRNA和28S rRNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。
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