作者：黄河; 彭燕; 卢娜; 姜洪波; 李成长ppbp非小细胞肺癌关键基因基因表达谱
摘要：目的利用生物信息学方法对非小细胞肺癌(NSCLC)的基因表达谱进行研究,筛选出与该病发生发展有关的关键基因。方法从GEO数据库中检索女性非吸烟肺癌患者的基因芯片数据,利用美国国立卫生研究院(NCBI)提供的GEO2R在线分析工具进行差异表达基因分析,用数据库DAVID对差异基因进行GO功能富集分析,将差异富集的基因输入string数据库进行KEGG通路富集分析并构建蛋白互作网络,将互作数据导入到Cytoscape软件并利用插件cytohubba分析网络拓扑结构,基于MCC算法选择排名前十位的关键基因,对关键基因进行Kaplan Meier生存分析。结果在NSCLC发病过程中,共鉴定出268个差异表达基因,其中有216个下调,52个上调。MCC算法所选取排名前十位的关键基因分别是:IL6、COL1A1、TIMP1、PPBP、MMP1、SPP1、CXCR2、CXCL2、CXCL13、COL11A1,其中PPBP在NSCLC患者发病过程中的作用尚未有报道,其余基因高表达的患者有较差的预后。结论利用生物信息学方法可有效选取NSCLC发病的关键基因,PPBP可能是NSCLC治疗的一个新靶标。
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