作者：朱云芬(编译)基因组序列装配过程dna序列染色体测序相互作用物种特异性dna片段测序技术
摘要：在基因组装配过程中,大量的DNA短读片段可以装配成许多重叠群,由于大量重复片段的存在,将这些重叠群连接成更大的片段仍然比较困难.目前,高通量装配是基于＜40 kb长片段插入双末端读序.提高基因组序列的完整程度通常依赖于低效率或费力的方法,如免疫荧光原位杂交法、细菌人工染色体测序.尽管测序技术的进步使得阅读片段的长度增加了,进而使邻接片段的长度也随之增加,但复杂基因组的装配仍然非常模糊和分散.事实上,甚至在绘制完成的人类基因组中,30 Mb以上的常染色质DNA仍未能组装.因此,就目前的高通量基因组测序和组装技术而言,深度测序的增加并不能显著提高基因组装配的质量.Hi-C是一种通过交联位点测定整个基因组染色质片段间空间互作频率的方法,采用高通量双末端测序测定其数量.每一个双末端读段表示两个基因位点间的一个互作,因此双末端读段的数量可作为互作的频率.值得注意的是,在真核生物中迄今为止所有Hi-C实验均显示了两种典型的交互模式（除了物种特异性和细胞类型特异性的染色质相互作用外）.一种为距离依赖性衰减（DDD）,是将互作频率作为基因组距离的一个函数过程中衰减的一般趋势;另一种为顺式一反式比（CTR）,是指同一染色体上基因位点间的互作频率更高,即便这两个位点被数十个较大的碱基序列隔开,而与此相比,不同染色体之间的基因座交互频率则相对较低.通过互作频率的计算可以判定某一DN段属于哪一条染色体.研究者将基因组三维结构作为组装线性DNA序列的指引.通过Hi-C技术,测定了基因组各DN段之间的相互作用频率.在基因组的三维结构中,距离较近的DNA序列互作更为频繁,而距离较远的DNA序列互作较少.随后在3D互作频率的基础上进行计算,以确定基因组各片段的线性位置.从一维的线性基�
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