作者：于娟; 李红; 卢囡囡; 饶华祥; 雷有菊; 姜...spike蛋白生物信息学
摘要：目的 应用生物信息学方法分析中东呼吸综合征冠状病毒（Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV）棘突蛋白（Spike,S）的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。结果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。综合各种单参数预测MERS-CoV S蛋白可能存在4个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和5个Th细胞表位。方法 以MERS-CoV S蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测S蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具预测CTL和Th细胞表位。结论 生物信息学方法预测MERS-CoV S蛋白氨基酸保守序列,该蛋白可能含有B/T细胞抗原表位,为MERS-CoV疫苗研制及其他相关研究奠定了基础。
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