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Viral Metagenomics Analysis of Planktonic Viruses in East Lake, Wuhan, China

作者:Xingyi Ge YongquanWu Meiniang Wang Jun...浮游病毒宏基因组东湖中国武汉遗传多样性无脊椎动物序列同源性

摘要:东方湖(东胡湖) ,在中国武汉定位了,是一直在经历发育营养正常促进剂条件并且在最近的年期间的海藻的开花的一个典型城市淡水湖。海洋、新鲜的水被认为包含很多病毒。然而,因为有限技术,很少为 culturing 病毒对他们的基因差异被知道。在这研究,我们用一种高产量的定序技术进行了病毒的 metagenomic 分析,样品在春天,夏天,秋天,和冬季从东方湖收集了。从四件样品的图书馆各产生了 234,669, 71,837, 12,820,和 34,236 contigs (> 90 bp 各个) 分别地。病毒的社区的基因结构揭示了盖住 23 个病毒的家庭的高基因的差异,与对 DNA 病毒相应的 contigs 的多数,包括 Myoviridae , Podoviridae , Siphoviridae , Phycodnaviridae ,和 Microviridae 的成员,它感染细菌或水藻,和 Circoviridae 的成员,它感染无脊椎动物和脊椎动物。最高病毒的基因差异在在 8 月收集的样品发生了,然后 12 月和 6 月,和在三月的最少的差异。大多数 contigs 与已知的病毒有低顺序的身份。进一步指向 cyanophages 的基因(g20, psbA, psbD,和 DNApol ) 的保存序列的 PCR 察觉证实在东方湖有新奇 cyanophages。我们的病毒的 metagenomic 数据在中国在一个淡水湖提供 virome 的第一初步的理解并且将对新奇病毒发现和以后的海藻的开花的控制有用。

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中国病毒学

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