作者：周素娟 古海尔·肉孜 沈勤丰 吾不力艾山·...人类免疫缺陷病毒1型感染者丙型肝炎病毒基因离散率进化速率
摘要：目的分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）/丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）混合感染者体内HCV各基因型在6个月时间间隔前后基因变化规律,为针对HCV制定预防治疗策略和后续的研究提供基础。方法对新疆地区2013年4月确认为HIV-1抗体阳性的102例感染者进行HCV抗体检测,HCV抗体阳性的研究对象在6个月后（2013年10月）进行第二次采血。对HCV抗体阳性的2次标本抽提血浆病毒RNA,反转录后扩增HCV 5′UTR基因,将所得到的序列与HCV的国际标准株进行比较,确定被检样本的HCV基因型。基于2次采样毒株的序列变异,使用MEGA 6软件计算其基因离散率,使用Beast v1.8.0软件分析起源时间和进化速率。结果 102例HIV-1感染者中有89例（87.25%）HCV抗体阳性,其中成功扩增出HCV 5′UTR基因2次序列的有77例（77/89,86.52%）。HCV 5′UTR基因片段分型结果显示有4种基因型：1a（9/77,11.69%）,1b（31/77,40.26%）,3a（24/77,31.17%）,3b（13/77,16.88%）。HCV的1b基因型6个月后样本的组内基因离散率（0.025±0.007）%明显大于首次采样的（0.001±0.001）%,其他3种基因型的基因离散率在6个月后无明显变化。HCV的5′UTR基因平均进化速率为1.62×10^-3（95%HPD 1.52×10-3～5.38×10^-3）替换/（位点·年）,各基因亚型之间的进化速率相差1～3倍,3a亚型祖先株形成时间最为久远。结论新疆地区HIV-1感染者中静脉吸毒人群合并HCV感染率高,HCV的3种基因型（1a、3b、3a）在HIV-1感染者体内稳定存在,总体变异不大,但1b基因型随着时间的推移相对比较活跃。
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