作者：彭亮; 张岗; 颜永刚; 孙涛; 王媚; 李洁; ...茜草转录组高通量测序蒽醌类化合物次生代谢途径
摘要：目的获得茜草Rubia cordifolia转录组学信息及挖掘其蒽醌类化合物生物合成的关键酶基因,为茜草的功能基因克隆与分析提供参考。方法采用Illunima Hiseq TM 2000 150PE高通量测序技术对茜草进行转录组测序,使用Trinity软件完成Unigene的de novo拼接,基于BLAST实现Unigene的分类、功能注释、代谢通路分析和蛋白功能注释等。结果最终获得7.3 Gb数据,通过de novo拼接注释得到Unigene 66 646条,平均长度为1 424 bp,所有Unigene能被NCBI nonredundant protein sequences（NR）、NCBI nucleotide sequences（NT）、kyoto encyclopedia of genes and genomes（KEGG）、A manually annotated and reviewed protein sequence database（Swissprot）、gene ontology（GO）、eu Karyotic ortholog groups（KOG）和protein family（Pfam）数据库所注释,注释成功率100%,找到与茜草蒽醌类化合物生物合成相关的基因64条。结论首次对茜草转录组进行了分析,并获得了茜草蒽醌类化合物生物合成相关的候选基因,为茜草的分子生物学研究提供了丰富的数据资源,也为后期开展茜草蒽醌类化合物次生代谢途径解析奠定了基础。
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