作者：程云清; 张丽娜; 赵永斌; 刘剑锋榛子转录组简单序列重复种质鉴定引物
摘要：对平欧杂交榛的转录组数据进行了深入挖掘,以期开发其SSRs标记。在25 649条含SSR序列的Unigene中,共找到35 604条SSR序列;其中,单、二、三核苷酸重复为高频类型,其数量及所占百分比分别为：10 102（28.37%）、16 543（46.46%）、7 035（19.76%）;在单核苷酸重复中,A/T重复最多（28.13%）;二核苷酸重复中,AG/CT（35.79%）、AT/AT（7.47%）、AC/GT（3.17%）最为丰富;三、四、五、六核苷酸重复中,比例最高的重复序列分别为：AAG/CTT（7.24%）、AAAG/CTTT（0.33%）、AAAAG/CTTTT（0.38%）、AAAAAG/CTTTTT（0.15%）。依据转录组中的SSRs序列信息,随机合成了60对引物,并对含平榛（Corylus heterophylla Fisch）、平欧杂交榛（C.heterophylla×C.avellana）、欧洲榛（C.avellana）及毛榛（C.mandshurica Maxim.）的25份材料进行了PCR扩增和毛细管电泳,找到7对多态性良好的引物,其PIC（Polymorphism Information Content）值为0.35~0.70,获得多态性条带52条;UPGMA（Unweighted Pair Group Method Analysis）聚类结果显示,上述引物可将这些种质进行准确区分。以上研究初步明确了平欧杂交榛转录组中SSR的分布特征,为其遗传连锁图谱构建等研究提供了科学依据。
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