作者：李慧瑾; 李正堃; 陈葳泌尿系统肿瘤膀胱癌长链非编码rnauca1生物信息学
摘要：目的 分析长链非编码RNA (lncRNA) UCA1在泌尿系统肿瘤中的表达及其对肿瘤患者的意义,并对UCA1的下游靶基因预测, 为UCA1在泌尿系统肿瘤中的功能研究提供生物信息学数据.方法 利用UALCAN数据库分析人膀胱癌 ( bladder carcinoma, BC) 中UCA1的差异表达, 并对UCA1进行生存分析;利用RegRNA2. 0和HMDD预测UCA1调控的膀胱癌的microRNAs;通过Real-time PCR实验验证筛选出的靶基因;利用TargetScan、 StarBase和miRDB平台软件预测microRNAs下游的靶基因;采用FunRich平台对预测的靶基因进行Gene Ontology (GO) 分析、 KEGG信号通路及转录因子富集分析.结果 通过分析UAL-CAN数据库发现, UCA1在膀胱癌表达量相比正常膀胱组织有明显升高, 在肾透明细胞癌 ( KIRC) 中的表达量和正常肾组织无显著差别, 而在乳头状肾细胞癌 ( KIRP) 中UCA1 的表达相比正常反而降低.随着UCA1的表达升高患者总生存期下降, 病理分级越高UCA1的表达量越高, 男性中的UCA1表达量明显高于女性. RegRNA软件和HMDD v3. 0数据库预测, 发现hsa-miR-1182和hsa-miR-203-3p与膀胱癌中UCA1呈正相关.经Real-time PCR验证筛选 UCA1 与 hsa-miR-203-3p 表达趋势一致.在生物学功能研究过程中, hsa-miR-203-3p的靶基因在碱基、核苷、核苷酸及核酸代谢及基因转录等过程中发挥重要的调节功能.对KEGG信号通路分析中, microRNA靶基因主要富集在LKB1信号通路调控过程.对hsa-miR-203a-3p靶基因调节的转录因子分析, 发现主要集中在POU2 F1和EGR1两个转录因子.结论 UCA1在膀胱肿瘤中高表达, 有望成为肿瘤诊断和治疗的潜在分子标志物.通过生物信息学方法对UCA1的靶基因预测, 可为深入研究UCA1调控BC的作用机制提供更全面的研究线索.
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