玉米EST序列中微卫星的频率和分布

作者：赵美琼 宋燕 范静华 纪韵祚 罗琼 朱有勇 ...玉米est微卫星分子标记

摘要：利用Tandem Repeats Finder程序，以大于15bp，匹配值为80％的标准，对已经公布的1162745条玉米EST序列中的SSR进行查找，共发现一至六核苷酸重复的SSR序列84314个，占1162745个EST序列的7．25％。组成这些SSR的主要基序有A，C，AG，GGC，AGG，AAC，AAGT，AAAT，ACAT，AGAT，AGGT，AGAGG，AAAAG，AGGGG，AAAGC，GCCGAG，CGGCGT，CGCCGG，GCGGCA和CGCTGC，且以单核苷酸重复的SSR数量最多，为75917个，其次是六核苷酸重复，为2903个，这两类重复的SSR占总数的93．48％，四、五核苷酸重复的SSR数量较少，分别为772和779个。值得注意的是，所有这些在玉米EST中发现的SSR序列的碱基数都大于24bp。这暗示利用这些SSR序列有可能开发出一批扩增效果好，多态性高的SSR分子标记，有助于玉米高密度遗传图谱的构建、重要功能基因克隆及基因功能等研究。

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