作者：崔丽君; 张桂贤; 王雪娇; 王烨; 刘宇; 刘...mc1r基因系统树分子进化鸡形目序列比对
摘要：为了对已知的鸡形目禽类黑素皮质素受体1 （MC1R）基因进行生物信息学和分子进化分析,根据已发表的12种鸡形目物种MC1R基因序列（包括棕色来航鸡、红色原鸡、土佐本地鸡、日系乌骨鸡、白色来航鸡、日本鹌鹑、火鸡、蓝胸鹑、珠鸡、朝鲜鹌鹑、河北柴鸡和略阳乌鸡）,利用多种生物学软件进行遗传多态性研究.结果显示：12种鸡形目物种MC1R基因编码区碱基序列同源性和氨基酸序列同源性均较高（分别为98.84％,98.91％）,蛋白质二级结构相似度极高,以α构螺旋为主（57.32％ ～67.83％）,无规则卷曲次之（25.80％ ～ 29.62％）,β-折叠最少（6.05％～15.61％）.红色原鸡、土佐本地鸡和棕色来航鸡的二级结构组成相同,其中红色原鸡和土佐本地鸡的碱基CDS序列完全相同.分子进化分析发现,12个鸡形目物种可以明显地分为A、B、C3个类群,火鸡、珠鸡、鹌鹑、蓝胸鹑、棕色来航鸡、红色原鸡和土佐本地鸡聚为A群;河北柴鸡、朝鲜鹌鹑和日系乌骨鸡聚为B群;白色来航鸡和略阳乌鸡聚为C群.火鸡较其他鸡形目起源较早,棕色来航鸡,白色来航鸡和略阳乌鸡起源较迟.但聚类结果中白色来航鸡和棕色来航鸡却属于不同类群,这可能是由于MC1R基因参与家禽羽色的调控,而白色来航鸡和棕色来航鸡羽毛色素存在明显差异,从而造成了二者在鸡形目MC1R基因分子进化树中的遗传距离较远.
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