作者：杜小龙; 王麒; 张乐超; 葛琳涵; 刘小辉; ...山羊毛色dct基因启动子区甲基化snp
摘要：旨在探究DCT基因启动子区甲基化水平和SNP突变对山羊毛色的影响,为探索DCT基因调控山羊毛色变化的机理提供理论依据。本研究以山羊为试验动物,对DCT基因启动子区进行CpG岛预测,设计引物对预测的2个CpG岛富集区域进行亚硫酸氢盐甲基化测序,使用甲基化水平分析软件BISMA统计甲基化位点,比较唐山奶山羊(白色)和南江黄羊(黑色品系)两种不同毛色山羊群体DCT基因启动子区甲基化水平差异。克隆DCT基因核心启动子区,筛选不同毛色山羊群体的SNPs,使用JASPAR和Nsite预测SNPs位点突变前后转录因子的改变,并检测比较突变前后DCT基因启动子活性变化。结果,成功克隆了山羊DCT基因启动子区甲基化序列及核心启动子区(g.-1045~-318)。在g.-348~-150区域和g.+222~+502区域分别发现6个和23个甲基化位点,其中g.+312、g.+352和g.+400位点与g.+389和g.+404位点白色山羊甲基化水平分别显著和极显著高于黑色山羊(P﹤0.05和P﹤0.01),并且g.+222~+502区域白色山羊甲基化平均水平极显著高于黑色山羊(P﹤0.01)。在DCT基因核心启动子区的g.-804T﹥G、g.-705C﹥T和g.-679G﹥A,3个SNPs位点的基因型构成在白色山羊和3个有色山羊群体中存在差异,g.-804T﹥G突变导致该区域的SOX10转录因子结合位点缺失,DCT基因启动子活性显著下降(P﹤0.05)。结果显示,白色山羊DCT基因g.+222~+502区域的高甲基化水平,g.-804、g.-714和g.-6793个位点的突变,尤其是g.-804T﹥G造成SOX10转录因子结合位点的缺失,突变的G型DCT基因启动子活性显著降低。因此,DCT基因启动子区SNP突变和高甲基化水平可能抑制了基因的表达从而形成山羊白色被毛。
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