作者：赵俊; 莫永亮; 贾仲君原核微生物宏转录组水稻土试剂盒rna提取手工rna提取16srrna
摘要：【目的】比较手工法和试剂盒法提取土壤RNA对原核微生物多样性的影响，评价两种方法研究土壤宏转录组的技术偏好性。【方法】针对黑龙江海伦砂质黑壤土、江苏滨海黏心夹砂土、江西鹰潭第四纪红黏土不同母质发育形成的三种水稻土，采用手工和试剂盒法分别获得微生物总RNA，利用高通量测序原核微生物16SrRNA多样性，通过紫外分光和琼脂糖凝胶电泳分析RNA质量，比较手工和试剂盒法提取RNA对水稻土原核微生物群落的影响规律。【结果】三种水稻土中试剂盒提取RNA的纯度皆高于手工法，但RNA提取总量不一致。试剂盒提取黑龙江和江苏水稻土的RNA总量高于手工法，而手工法提取的江西水稻土RNA总量高于试剂盒法。高通量测序发现土壤类型而不是RNA提取方法决定了原核微生物多样性指数和群落结构。3个水稻土共检测到27门和409属，两种RNA提取方法偏好性提取了19门和181属，这些门和属占水稻土微生物总丰度平均值分别为40．4％和44．4％。与手工提取RNA相比，试剂盒法发现11个微生物门的丰度显著偏高（P〈0．05），但仅有Armatimonadetes门在三种水稻土同时存在专一偏好性；手工法提取也发现11个微生物门的丰度显著高于试剂盒法，并且仅有Firmicutes门在三种水稻土中同时存在专一偏好性。在微生物属水平，三种水稻土中均发现试剂盒法偏好性提取了2属，而手工法偏好性提取了5属。进一步针对72个优势微生物属（丰度〉0．1％且同时存在于三种水稻土），发现其占所有微生物丰度80％强，且48属的变化规律与RNA提取方法无关。例如，手工法提取水稻土好氧甲烷氧化菌的规律为：黑龙江（1．68％）〉江西（0．90％）〉江苏（0．59％），而试剂盒法也得到一致结果，黑龙江（0．52％）〉江西（0．18％）〉江苏（0．13％）。【结论】两种RNA提�
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