作者：冯园园; 郭林林; 金花; 倪大鹏; 王志芬; ...丹参基因组ssrhiseq2000微卫星多态性
摘要：目的通过开发丹参基因组SSR标记并验证其有效性,为丹参的分子标记的开发应用提供依据。方法利用Illumina-HiSeq 2000高通量测序技术对山农丹参1号(SNDS1)进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找开发SSR;利用PCR技术检测引物扩增效率。结果共获得2.40Gb的丹参基因组序列,设计开发重复单元长度为2~6碱基的SSR 6000多个;其中2碱基重复和3碱基重复的微卫星单元较丰富;合成600对SSR引物,在丹参上的有效扩增率达85%,经双亲和杂交子代验证其中53%以上的标记具有多态性。结论开发的基因组SSR具有较高的多态性,这在一定程度上大大丰富了在丹参上可以利用的基因组SSR标记。
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