作者：黄一伟; 张红; 李文超; 黄超洋; 黄凰h9亚型禽流感中国大陆地区进化分析
摘要：目的从分子水平研究中国大陆地区H9亚型禽流感病毒的起源、进化和地理扩散情况,为禽流感的防控提供科学依据。方法从全球公共流感病毒数据库收集中国大陆地区的H9亚型禽流感病毒HA基因序列,通过对下载的序列进行比对和聚类筛选,得到1997—2018年180株含有准确采样信息的序列,使用BEAST等生物信息学软件分析病毒选择压力、构建贝叶斯法时间进化树以及重建病毒进化时空动态。结果序列的核苷酸差异在0.2%~20.7%之间,氨基酸的差异在0.0%~15.8%之间。编码区的核苷酸替代率分别为:0.540、0.607和1.853。非同义突变率与同义突变率的比值的平均值为0.1789,但是在7个位点上比值大于1。HA基因的平均进化替代率为2.476×10^-3替换/位点/年,最早的公共祖先出现在1947.457年。构建的基因进化树的拓扑结构分为多个分支,根节点最有可能的位置是广东省,后验概率为21.7%。基于目前数据的时空动态分析显示,1959—2018年间病毒从广东传播到安徽,再到广西、江苏,再以江苏为中心向周边多个省份传播,最后在多个省份之间出现传播。其中江苏传出的6条路径具有统计学支持。结论H9亚型禽流感病毒出现的时间可能比国内最早报导的早很多,在中国多个省份之间传播扩散情况复杂,江苏省是传播扩散的一个重要中心。
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