作者：倪青山; 王正志; 李冬冬马尔可夫链特异性探针基因芯片基因组序列探针设计基因表达重要环节互补序列出现概率计算时间方法选择数据量全序列性选择子序列评价
摘要：对于基因表达芯片,特异性探针的选择是探针设计的重要环节,由于基因组序列数据量极大,不可能对每个候选探针都在全序列中进行特异性评价并进行取舍.对此问题,提出了一种采用马尔可夫链概率准则的探针特异性选择方法,即把基因组序列看作马尔可夫链,任何探针序列的互补序列作为它的一个子序列,都具有一定的出现概率,概率越小,越可能具有特异性.据此,选择其中概率最小的N个候选探针,能够大大减少进行特异性评价的探针数量,缩短探针设计的计算时间.对实际数据的测试结果表明,该方法选择的探针具有很高的特异性.
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