作者：马成; 潘一廷; 覃培斌; 钱小红; 应万涛; ...基于超滤辅助样品制备蛋白酶切超滤管深度覆盖
摘要：目的：基于超滤辅助样品制备（FASP）方法的出现使得使用去污剂（如SDS）的蛋白质提取方法与溶液内酶切方法得以兼容，因此提高了难溶性蛋白的鉴定数量。然而，超滤膜的非特异性吸附作用依然会造成蛋白的损失。我们拟针对该方法存在的问题对其进行改进。方法：对FASP方法进行了蛋白酶切条件、洗脱液选择、洗脱次数的改进；为测试优化方法的有效性和适用范围，选择标准蛋白BSA、鼠肝和鼠脑等3种样品进行考察。结果：相比报道的FASP方法，采用改进后的FASP方法使BSA的回收率提高了20％；经高精度质谱检测，对鼠肝、鼠脑的蛋白质鉴定结果分别比采用未优化的FASP多鉴定到2086和3592条特异肽段。结论：通过对FASP方法的优化，蛋白鉴定数量得到较大提高，该方法为蛋白质组深度覆盖研究提供了可靠的技术手段。
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