作者:蔡磊 余露军 陈小曲 叶惠欣 陈琳 李建军诸氏鲻虾虎鱼转录组序列微卫星筛选分布特征
摘要:旨在为大规模开发诸氏鲻虾虎鱼微卫星标记,采用高通量测序技术,对诸氏鲻虾虎鱼肝脏转录组进行了测序。结果共获得47979条Unigenes,利用微卫星查找程序在47979条Unigenes中共获得6225个微卫星位点(12.97%),平均每7.02 kb就出现1个微卫星位点。6225个微卫星位点由226种重复基序组成,主要分布在三、四和五碱基重复类型中。在数量上,单碱基重复类型微卫星位点最多,占42.49%,二碱基和三碱基重复类型所占比例相似,分别为25.22%和26.27%,四、五、六重复类型较少,合计占6.03%。单碱基重复序列中最多的类型为A/T,二碱基重复序列中以AG/CT重复单元为主,三碱基重复序列中以AGC/TCG为优势类型。挑选部分二、三和四单元重复类型微卫星序列,共设计76对引物,可稳定扩增出目的条带的有55对,其中32对具有多态性。结果表明,利用诸氏鲻虾虎鱼转录组数据可快速大量开发微卫星标记。
注:因版权方要求,不能公开全文,如需全文,请咨询杂志社