作者：麦静 杨志玲 杨旭 陈慧 刘起胜 廖海军引物筛选正交设计
摘要：探索适宜厚朴（Magnolia officinalis）简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）-聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）的最佳条件。在SSR引物筛选基础上,利用正交试验设计对影响PCR反应的5个因素（模板DNA、引物、Mg^2＋、dNTPs和Taq酶催化活性浓度）进行4个水平的优化,并通过温度梯度试验优化引物退火温度。在厚朴及其近缘物种的70对引物中,筛选出13对扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物。PCR各因素在不同水平下对反应体系的影响由大到小依次为引物浓度、Taq酶催化活性浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度和模板DNA浓度。PCR最佳优化体系：25μL体系中,模板DNA质量浓度为2 ng·μL^-1,引物浓度为0.6μmol·L^-1,Mg^2＋浓度为2.0 mmol·L^-1,dNTPs浓度为0.5 mmol·L^-1,Taq酶催化活性浓度为0.03 U·μL^-1（1 U=16.67 nkat）。最佳扩增程序：94℃预变性4 min,94℃变性30 s,48.0-59.0℃（退火温度随引物不同而定）退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环后72℃延伸10 min。上述结果可为利用SSR-PCR技术研究濒危厚朴群体遗传学和分子生态学提供技术参数。
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