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从公共数据库中利用数据挖掘的方法开发15条黄金鲈EST-SSR标记

作者:王丹; 姚红; 王卫民; 邹桂伟; 王汉平黄金鲈est微卫星基因注释

摘要:黄金鲈是美国中西部地区重要的淡水经济型鱼类。TypeⅠ型标记对于比较作图和遗传学研究有相当重要的作用,但是黄金鲈的TypeⅠ标记数量相当少。研究通过数据挖掘的方法从公共数据库中挖掘黄金鲈的TypeⅠ型即EST-SSR标记。实验结果分析了21968条EST序列,约14.4%的序列包含不同类型的核心重复单元。CA重复是最丰富的二碱基重复单元。从中挑选62条包含SSR的EST序列设计引物,筛选得到15对多态的微卫星位点。群体遗传学参数显示15对EST-SSR位点的等位基因数范围为4—19(平均数为9),观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.103—0.929和0.116—0.934,有4个位点偏离HWE平衡。研究得到的EST-SSR标记适用于黄金鲈的群体遗传学和基因组作图研究。

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水生生物学报

《水生生物学报》(CN:42-1230/Q)是一本有较高学术价值的农业期刊,自创刊以来,选题新奇而不失报道广度,服务大众而不失理论高度。颇受业界和广大读者的关注和好评。 《水生生物学报》主要刊登:与水生态的评价与治理;水生物的生化、遗传、病理、毒理和分类区系;水生物的育种、培养、开发利用和病害防治;渔业生物学报及有关湖沼学的综合调查与研究等相关的中、英文研究论文、研究简报及综述。

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