先天性小耳畸形微小RNA综合调控网络的生物信息学分析

作者：郭蕊; 杨庆华先天性小耳畸形microrna靶基因长链非编码rna调控网络

摘要：目的构建以miRNA为中心的综合调控网络,探讨关键miRNA、靶基因、转录因子、长链非编码RNA与先天性小耳畸形发病间的关系,为进一步明确病因提供新的研究思路。方法分析小耳畸形残耳软骨与健侧耳软骨间miRNAs差异表达谱,基于24个差异表达的miRNAs,预测靶基因、转录因子和长链非编码RNA,构建综合调控图并对关键节点进行生物信息学分析。结果基于24个差异miRNAs,共预测到154个靶基因,209个转录因子和22个长链非编码RNA。MiR-221/222-3p、miR-320c、miR-3122、miR-4521,靶基因ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1、PDPK1,转录因子EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2和长链非编码RNA TUG1、MIAT间存在相互调节作用构成关键模块。MiR-221/222-3p可与靶基因TRPS1、ZEB2,转录因子FOS、EP300、STAT1及lncRNA MIAT相互调控,靶基因ZEB2与转录因子STAT1在调控网络中作为关键节点可连接多个靶点构成综合调控网络。结论初步建立了先天性小耳畸形综合调控网络,找到了表达异常的关键miRNAs、靶基因、转录因子和长链非编码RNA,为后期针对各个靶点的验证和基因功能的研究奠定了理论基础,利于进一步探讨关键靶点及其调控网络与先天性小耳畸形间的关系。

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