作者：陈阳; 李健峰; 姬秋彦; 闫玲梅; 龙海亭; ...生物信息学分析幽门螺杆菌克隆hpyloria基因生物信息学技术oipa外膜蛋白基因ncbi生物学特性设计引物序列测定序列相关抗原表位分析结果机制研究cddpcr数据库未发现氨基酸抗原性疏水性软件预测
摘要：目的:克隆幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H pylori)前炎症外膜蛋白基因oipA,并对其进行生物信息学分析.方法:利用GenBank已公布序列设计引物,用PCR进行扩增后,酶切,连入载体pGEX-5X-1,并进行序列测定.用数据库Blast,NCBI CDD,Swiss-model, Propred以及生物学软件Omiga v2.0和Antheprot v5.0分析其生物学特性.结果:克隆片段与GenBank公布序列完全一致.经Blast比对未发现与oipA同源的其他种属基因,通过NCBICDD未找到已知保守区域和oipA编码氨基酸序列相关.应用Omiga v2.0,Antheprot v5.0软件预测显示该蛋白具有良好的疏水性和抗原性,将该分析结果和Propred结果比对得到预测的抗原表位.结论:应用生物信息学技术,对幽门螺杆菌基因oipA进行分析,将为H pylori与相关致病发生机制研究,H pylori疫苗的开发等工作奠定一定基础.
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