作者：李慧; 王柯皮肤肿瘤恶性黑色素瘤微小rna生物信息学
摘要：目的筛选原发性皮肤恶性黑色素瘤的相关miRNA及其靶基因,并进行生物信息学分析。方法在GEO数据库中选择GPL15019、GPL15183芯片数据,通过GEO2R在线分析工具筛选出皮肤恶性黑色素瘤中差异表达的miRNA,两组芯片取交集后获得共同差异表达miRNA,借助miRecords平台预测miRNA靶基因。通过DAVID工具进行基因功能(GO)分析和KEGG通路富集分析预测靶基因功能和相关通路。利用STRING平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选出核心基因。在比较毒物遗传学数据库中筛选能影响核心基因的化合物。结果筛选出在皮肤恶性黑色素瘤组织中差异表达的miRNA为hsa-miR-183、hsa-miR-200a、hsa-miR-455-5p、hsa-miR-204和hsa-miR-429,均表达下调。差异表达miRNA的靶基因主要参与蛋白质去磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子调节、结合Ephrin受体、细胞迁移调控、卵母细胞减数分裂、心肌细胞中肾上腺素能信号转导等过程,涉及通路包括多巴胺能神经突触相关信号通路、雌激素信号通路、Hippo信号通路等。皮肤恶性黑色素瘤差异表达miRNA靶基因编码蛋白PPI网络的核心基因为PPP2CB、PLCB4、RNF138、GATAD2B、TMEM110和CLASP2。上述核心基因相关的毒物包括砷剂、二嗪农、氯化镉、黄曲霉毒素B1、三氯乙烯等。结论皮肤恶性黑色素瘤组织中差异表达的miRNA为hsa-miR-183、hsa-miR-200a、hsa-miR-455-5p、hsa-miR-204和hsa-miR-429,其靶基因主要参与蛋白质去磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子调节及细胞迁移、细胞分裂、细胞信号转导的调控等过程。
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