作者：王艳红 胡超群 张吕平 夏建军 任春华凡纳滨对虾表达序列标签微卫星分子标记
摘要：对161 075条凡纳滨对虾dbEST（database of＂Expressed Sequence Tags＂）的数据进行SSR序列筛选,搜索参数为二～六核苷酸重复6次以上（包括6次）,共获得含SSR的EST序列12 600条,占整个凡纳滨对虾dbEST数据库的7.8%,其中二核苷酸重复10 104条,占总EST-SSR序列的80.2%;三核苷酸重复2 036条（16.1%）,四核苷酸重复336条（2.7%）,五核苷酸重复35条（0.3%）,六核苷酸重复89条（0.7%）。大部分发现的微卫星序列为完美型（perfect）的重复序列。在二核苷酸所获得的SSR重复单元中,AG/CT是优势重复单元,共分布4 820条,占二核苷酸各重复单元的47.8%;其次是AC/GT重复,共分布3 584条,占二核苷酸各重复单元的35.4%;最后是AT/TA和CG/GC,分别占二核苷酸各重复单元的16.6%和0.2%。通过对凡纳滨对虾EST序列中SSR位点信息的发掘分析,共设计77对微卫星引物,在10个个体中成功扩增的引物有54对,成功扩增率为70.1%。其中多态性丰富的引物28对,多态率为51.9%。等位基因数为2～5,PCR产物大小为140～600 bp。本研究筛选的EST-SSR标记将为凡纳滨对虾的分子遗传学研究、种质鉴定等提供可靠的工具。
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