作者：丁颖楠; 俞天奇; 张宜娜; 周继勇; 胡伯里长链非编码rna高通量测序
摘要：传染性法氏囊病(Infectious bursal disease, IBD)是一种由传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus, IBDV)引起的急性、高度接触性的传染病,在易感雏鸡(Gallus gallus)群中发病率可达80%~100%,死亡率高达30%~35%。为探究IBDV感染所引起的宿主细胞内长链非编码RNA (long noncoding RNA, lncRNA)表达谱变化,本研究利用Illumina Hiseq 3000平台进行高通量测序,并对IBDV感染和未感染的鸡成纤维细胞系DF-1的lncRNA表达谱进行分析。结果显示,有958条差异表达的lncRNA,其中728条上调、230条下调。利用miRanda-aug2010软件预测差异lncRNA的靶基因,然后通过生物信息学方法对靶基因进行基因本体论(Gene Oncology, GO)注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)信号通路富集分析,结果显示,靶基因在免疫应答过程、细胞因子反应、细胞凋亡和核因子κB (nuclear factor κB, NF-κB)等生物学过程中显著富集,参与视黄酸诱导基因蛋白Ⅰ(retinoic acid-inducible gene Ⅰ, RIG-Ⅰ)信号通路、Toll样受体信号通路和细胞凋亡等通路。利用qRT-PCR方法对随机挑选的9条lncRNA进行验证,结果显示,其表达变化趋势与高通量测序数据一致。本研究对IBDV lncRNA表达谱进行分析,为深入探讨与IBDV发病机制相关的关键lncRNA分子作用机制提供了参考依据。
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