作者：倪飞; 励文豪; 蔡苗苗; 林二培; 童再康; ...光皮桦转录组测序基因表达
摘要：录组测序（transcriptome sequencing）是一种获得基因表达信息的快速、高效方法。为挖掘与光皮桦（Betula luminifera）材质性状相关的基因，本研究以光皮桦茎、叶等组织为材料开展转录组测序、拼接序列的功能注释与分类；采用cDNA末端快速扩增技术（rapid-amplification of cDNA ends, RACE）分离S-腺苷甲硫氨酸合成酶（S-adenosylmethionine synthase, SAMS）基因全长cDNA，再利用DNAStar、MAGA 7.0等生物信息学软件进行序列分析，使用qRT-PCR技术分析SAMS基因的表达模式。结果表明，转录组测序共获得有效数据1.9 Gbp，拼接得到Unigenes序列54 577个。分别比对冗余蛋白质数据库（non-redundant protein database, NR）和Swiss-Prot蛋白质序列数据库（Swiss-Prot protein sequence database），共有65.8%（35 920）的Unigenes得到注释信息，包含了24 482个不同序列号的蛋白质。另外，7 954和9 997个Unigenes分别获得了基因本体（Gene Ontology, GO）和直系同源基因簇（Clusters of Orthologous Groups, COG）分类信息。在转录组测序基础上克隆到BlSAMS1、BlSAMS2和BlSAMS3的全长cDNA，其长度分别为1 578 bp、1 555 bp和1 266 bp；相应编码蛋白的分子量分别为42.9、43.1和42.7 kD，且皆具典型的SAMS保守结构域。进化树构建显示，BlSAMS1和长春花（Catharanthus roseus）CrSAMS2聚在一起；BlSAMS2和小金海棠（Malus xiaojinensis）MxSAMS、葡萄（Vitis vinifera）VvSAMS4聚为一类；BlSAMS3与木质素合成相关的拟南芥（Arabidopsis thaliana）AtSAMS3、海岸松（Pinus pinaster）PpSAMS1等序列相似，聚在同一分支。BlSAMS1在叶中的整体表达量较高；BlSAMS2和BlSAMS3在茎中的表达量随着木质化程度的增加而升高，且在木质部优势表达。因此，推测BlSAMS3通过参与光皮桦木质素的合成在木材形成中发挥作用。光皮桦的转录组信息和BlSAMSs序列及表达分析为进一步研究木材形成的分子机制提供了�
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