作者:马秋月 廖卓毅 张得芳 戴晓港 陈赢男 李...碧桃微卫星ssr转录组高通量测序
摘要:为开发碧桃转录组微卫星信息,利用454高通量测序技术,对其花瓣转录组序列进行SSR位点发掘,结果发现含SSR的序列4705条,共得到5668个SSR,平均每3.49 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以三碱基重复为主,约占总数的42.66%。笔者共发现516种碱基重复基元,所占比例最高的为(AG/CT)n(18.34%),其次是( AAG/CTT) n(12.42%)。微卫星多为重复长度小于20 bp 的短序列,长度大于20 bp 的微卫星仅占总数的12.13%。研究还发现碧桃花瓣微卫星的频率和长度呈显著负相关( P<0.05),相关系数为-0.246。
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