松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析

作者：孔凡明 王小龙 陈赢男 李淑娴 徐进 尹佟...表达序列标签序列组装微卫星松属

摘要：从GenBank下载453892条松属EST序列，序列组装后得到20886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2678个微卫星，其中3碱基重复微卫星占的比例最高，为59？2％，而其他重复长度的微卫星都相对较低，比例分别为：2碱基重复微卫星占12．0％，4碱基重复微卫星占13．3％，5碱基重复微卫星占15．5％。3碱基重复微卫星变化引起的基因读码框改变最小，松属树种基因区3碱基重复微卫星的富集显示了强烈的密码子选择效应。此次研究还对查找到的微卫星进行了引物设计和扩增分析。实验结果显示，设计的微卫星引物在云南松中的扩增成功率是72．9％。从扩增成功的引物中进一步选取了155对引物，对14个松属树种和1个黄杉属树种进行了引物通用性实验分析，结果显示155对引物在14个松属树种间的通用性在71．0％以上，而在黄杉属树种中的通用性只有25．2％。对松属树种中含有微卫星的基因进行了功能分类研究，结果显示基因在是否保留微卫星序列方面有显著分化，微卫星参与了如细胞成分分类的共质体组成、病毒颗粒及病毒颗粒组成、生物节律调控，以及生长素转运蛋白等生物学过程。

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