银杏GbGGPS基因的克隆及序列分析

作者：张洪娟 谭碧玥 曹福亮银杏萜内酯蛋白质结构生物信息学分析

摘要：利用RACE技术克隆并获得了银杏牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶基因（GbGGPS基因）。银杏GbGGPS基因的cDNA全长为1 641 bp,含有1个1 176 bp的可读框,编码391个氨基酸序列。生物信息学预测GbGGPS蛋白的分子质量为42.51 ku,理论等电点为5.98,N端有叶绿体信号肽,其二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成。蛋白质同源分析表明,GbGGPS含有多聚异戊二烯基合成酶家族中保守的5个特征性结构域和2个富含天冬氨酸的区域。同源建模分析显示GbGGPS序列与薄荷GGPS蛋白的三维结构及活性位点高度相似。系统进化分析表明,银杏GGPS蛋白归属植物进化支,且与加拿大红豆杉、挪威云杉、北美冷杉的GGPS蛋白归为同一分支。

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