作者：朱芹; 李培; 周鹏; 张俊杰; 阙青敏; 惠文...刨花润楠ssrpcr体系优化种群遗传多样性
摘要：[目的]建立刨花润楠SSR-PCR最佳反应体系,从樟科树种SSR引物中筛选多态性高的引物,并对刨花润楠遗传多样性进行分析。[HTH][方法]对影响PCR反应体系的5个因素设置7个水平,利用正交设计L 16 (4 5)进行优化,确定最佳体系,并用该体系从187对候选引物中进行引物筛选。利用软件POPGENE1.32、PowerMarkerv3.25、FSTAT、GenAlex6.5、Structure2.3和POPTREE分别计算观测等位基因数目(Na)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性信息量( PIC )、基因流(Nm),进行群体遗传结构分析和UPGMA法聚类分析。[结果]刨花润楠最佳体系(20 μL)为: Taq 酶1.0 U、dNTPs 0.25 mmol·L -1 、Mg^ 2+ 1.25 mmol·L ^-1 、引物0.5 μmol·L^-1 、模板50 ng。最终筛选出12对具有多态性高的SSR引物。 Na、Ho、He和PIC 的平均值分别为15.083、0.576、0.751和0.722,表明种群具有较丰富的遗传多样性;Nm 平均值为1.500,种群间存在频繁的基因交流;UPGMA将24个种源聚为3类,与Structure分析结果一致。[结论]本研究成功优化了刨花润楠SSR-PCR反应体系,并获得12对适用于刨花润楠的SSR引物,刨花润楠种群遗传多样性丰富,种群间存在频繁的基因交流,24个种源可聚为3类。
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