高性能分子动力学模拟在生物大分子结构和功能研究中的应用

作者：吴超; 马路遥; 黄牛分子力学力场分子动力学模拟蛋白结构功能关系

摘要：基于经典物理学理论的分子动力学模拟是研究生物大分子结构和功能的重要工具。然而,分子动力学模拟对计算资源的巨大需求,限制了其在生物领域的应用。近几年来,随着计算机科学的迅猛发展以及计算化学理论和方法的完善,进行生物大分子在溶液状态下微秒时间尺度的模拟具备了可行性。本篇综述主要介绍近期高性能分子动力学模拟的发展,及在蛋白质三维结构、动态构象变化和生物学功能上的具体应用实例。

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