生物大分子相似性计算及软件CarboSimi简介

作者：凌伦奖生物大分子空间结构比较carbosimilarityindex

摘要：生物大分子中的蛋白质和很多非编码RNA的功能主要取决于它们的空间结构。到目前为止,已经有超过六万个生物大分子的空间结构被测定,如何有效地比较它们之间的相似性成了生命科学中的一个重要课题。本文对目前常用的两类分子空间结构相似性比较方法,一类是基于欧几里得几何距离的,另一类是基于特征相关性的。并系统地介绍了生物大分子空间结构比较软件CarboSimi的算法实现及使用方法。文中对上述的方法及CarboSimi软件的优缺点进行了讨论。

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