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基因序列的真实EST匹配识别与外显子区鉴定

作者:周艳红; 井辉; 李延恩; 刘怀兰est基因序列外显子鉴定子区tap检验匹配软件数据集

摘要:在对部分已知基因序列与EST数据库比对搜索的匹配结果进行深入分析的基础上,总结出了匹配程度检验、Gap检验、包含性检验、长度检验等多种措施对EST匹配结果的真假进行判别,并研制出了相应的分析软件EDSAc1.0,用于从基因序列的众多EST匹配中尽可能地筛选出真正相关的匹配,在此基础上,该软件可进一步鉴定出基因序列中的外显子区域,用标准测试数据集HMR195中的人类基因序列对其性能进行测试时,EDSAc1.0鉴定出的蛋白编码区在核苷酸水平上的专一性Sp达到了0.997,敏感度Sn达到了0.88,优于对国际同类软件TAP的对比测试结果,EDSAc1.0已提供网上服务(http://infosci.hust.edu.cn).

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科学通报

《科学通报》(CN:11-1784/N)是一本有较高学术价值的大型旬刊,自创刊以来,选题新奇而不失报道广度,服务大众而不失理论高度。颇受业界和广大读者的关注和好评。

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