基于COⅠ基因的龟鳖目动物鉴定与分类进化分析

作者：叶朝阳; 李伟; 赵建; 陈海港; 朱新平龟鳖目物种鉴定分类进化

摘要：为探索COⅠ基因条形码技术在龟鳖目物种分类与鉴定中的适用性,本研究应用通用引物PCR扩增获得龟鳖目动物9科26属45种共205个样品的634bpCOⅠ基因序列片段进行研究分析。结果显示,COⅠ基因在龟鳖目动物中存在少量的碱基插入和缺失,共计12种20个位点,物种占比34.28%;平均碱基含量(A+T)为55.42%,显著高于(G+C)的44.58%。通过Kimura's2-parameter计算45个物种的种内遗传距离为0~0.02398,平均为0.0032;种间遗传距离为0.0223~0.3349,平均为0.1637,种间平均遗传距离约为种内平均遗传距离的51.16倍;有3个物种的种内遗传距离大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0.02,其中1个物种的种内遗传距离大于45个物种的种间最小遗传距离0.0223。同科内不同属间及同目内不同科间的遗传距离分别为0.1467、0.2127,显示物种间遗传距离随着分类阶元的上升而逐步扩大。系统进化树聚类结果显示,不同个体依据亲缘关系程度不同分别聚为独立的一支,没有出现物种交叉分布,能准确反映个体间的亲缘关系。结果表明利用COⅠ基因鉴定龟鳖目物种具有可行性,但科内属间及以上分类阶元进化节点自展率不高,无法通过COⅠ基因明确其进化关系,须结合其他DNA指标加以确认。

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