家蚕全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析

作者：甘丽萍; 谭爽; 戚文华; 石汝杰家蚕基因组微卫星生物信息学

摘要：本研究利用MSDB v2.4软件以及生物信息学方法获取了家蚕全基因组的完整型SSRs序列,并对其分布规律进行比较分析。家蚕全基因组中SSRs总数量为141 311个,相对丰度为209.01 No/Mb,总长度为2.41 Mb,全基因组SSRs六种碱基重复类型的数量和密度分布模式为：单碱基〉四碱基〉三碱基〉二碱基〉五碱基〉六碱基,说明全基因以单碱基为主要碱基类型,六种碱基类型中五碱基SSRs G-C含量最高。对全基因组3＇非翻译区（3＇UTR）、5＇非翻译区（5＇UTR）、编码区（CDs）、内含子区（Introns）和基因间隔区（Intergenics）等不同区域SSRs分析表明,Introns区SSRs数量最高,为125 178个,最小的是5＇UTR,为278个,其数量大小顺序为Introns〉Intergenics〉3＇UTR〉CDs〉5＇UTR。5个不同区域的SSRs的碱基的总计数差异较大,编码区总计数最大的是三碱基,而其他4个区域最多的是单碱基。分别对5个区域SSRs中六种重复拷贝类别进行统计分析,碱基总计数（或频率）最多的分别是A;AC、AG、AT;AAT、CCG;AAAT、AAAC;AAATC、AAACT和TAAGTT、GAATTT、AATTAA,Introns和Intergenics区的重复类型总计数显著高于3＇UTR、CDs和5＇UTR。各重复类型拷贝数分布范围为4～100,主要集中在4～30之间。这为进一步系统分析家蚕SSRs分子标记筛选和遗传分析打下基础。

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