猪蛔虫全基因组微卫星分布规律

作者：牛红艳; 吴小平; 周春花; 石琴华猪蛔虫基因组ssr分子标记分布规律

摘要：为了探究猪蛔虫全基因组微卫星分布规律,本研究以已公布的猪蛔虫全基因组为基础,通过生物信息学方法,应用MSDB（microsatellite search and building database）从中搜索微卫星序列,并进行统计分析。针对微卫星序列设计40对引物,并通过e-PCR进行验证。得到结论,猪蛔虫基因组中存在682个微卫星位点,总长度为23 572 bp,占全基因组的8.67%。重复类型以短重复类型为主（单碱基重复至三碱基重复）。在这些重复单元中（A）n最为丰富,其次是（C）n,（AT）n,（AAT）n,（AG）n,占全部SSRs的86.67%。其中高频率的SSR类型（≥10）,依次是A/T、G/C、AT/AT、AAT/ATT、AG/CT、AC/GT、TAA/TTA、ATTT/AAAT、TAAA/TTTA、TATCTA,占全基因组SSRs总数的75.1%。猪蛔虫基因组长度以10～20 bp为主,有484个（71%）。研究还发现SSR中AT含量明显高于GC含量,占SSRs总数的83.6%。此研究表明在猪蛔虫全基因组上系统的进行微卫星研究工作,有助于分子标记的进一步开发,同时也为猪蛔虫分子鉴定、遗传变异、功能基因等的发展提供了科学素材。

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