水稻中介导基因沉默相关microRNA的SNP分析

作者：黄飘飘; 李俊彦; 张大兵水稻mirna单核苷酸多态性互补性形状改变

摘要：miRNA是重要的调节因子，在植物的生长发育和抗逆等过程中扮演不可替代的角色。和miRNA介导的基因沉默相关的单核苷酸多态性（SNP）可能和植物生长发育和农艺性状密切相关。为进一步了解在miRNA和其靶基因上的进化压力以及SNP如何通过影响miRNA和靶基因对的互补模式从而影响miRNA相关的性状，我们利用3000份水稻基因组数据分析了编码miRNA的基因进行全基因组SNP，发现pre—miRNA上SNP的密度比基因间隔区低平均4％，比外显子区域低平均8％。对比成熟的保守miRNA和非保守miRNA发现，两者各位点上SNP分布的趋势并不相同，暗示了两者各位点上的进化压力存在差异；通过比较成熟的保守miRNA和其相应的靶基因结合位点，则发现它们之间SNP分布有相关性，说明miRNA和相应靶基因结合位点存在共同进化。另外，我们找到了两个靶基因OsARF13和OsMADS27的miRNA结合位点上携带有两个可能对miRNA介导的调节产生重要影响的SNP。该项研究从全基因组水平揭示miRNA和靶基因存在SNP，可能加深甚我们对miRNA介导的基因沉默机理的理解。

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