通过比较基因组学方法分析柑橘溃疡病菌A和AW型菌株的差异

作者：陈峰; 郑正; 邓晓玲柑橘柑橘溃疡病菌比较基因组学前噬菌体

摘要：本研究选取采自江西的感染柑橘溃疡病的脐橙样品进行病原分离,采用Illumina Miseq测序平台对分离得到的A型jx-6菌株进行全基因组测序,并与已发表的2株A型菌株和2株AW型菌株进行比较基因组学分析。直系同源分析表明两种菌株核心基因簇3 887个,只有AW型菌株具有特异基因簇,特异基因簇为216个。对这些特异基因簇进行分析结果显示大部分与生物代谢和细胞代谢过程有关。基因组共线性分析结果显示相比于A型菌株,AW型菌株基因组存在翻转、易位、倒位等基因组重排事件。另外,对A型菌株和AW型菌株的全基因组上存在的前噬菌体进行预测分析,结果显示A型菌株基因组含有3个前噬菌体区域,AW型菌株基因组含有5个前噬菌体区域。通过比对发现A型菌株中的prophage2与AW型菌株中的prophage2属于同一种噬菌体,其中AW型菌株中的prophage4和prophage5两个前噬菌体区域正好插入在两个菌株共线性程度较低的部分。这些前噬菌体的插入及基因组重排有可能是导致AW型菌株寄主专化性的原因所在。基于7个看家基因（atp D,dna K,efp,fyu A,gln A,gyr B,rpo D）的系统发育进化分析表明所有的A型菌株聚为一支,AW型菌株聚为一支,这一结果与基因同源聚类分析的结果相一致。

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