小鼠核糖体蛋白基因中的组合转录调控元件分析

作者：李慧敏; 杨志刚; 江绍萍小鼠核糖体蛋白基因内含子组合调控区域偏好协同作用

摘要：研究表明,第一内含子可能参与基因转录调控。利用Markov链方法在小鼠核糖体蛋白（ribosomal protein）基因上游至第一内含子序列中抽提出一批高频出现模体（over-represented motifs）,这些模体大部分与TRANSFAC中收集的小鼠基因转录因子结合位点吻合,是潜在的调控元件。将这些模体两两组合,利用超几何分布（hypergeometric distribution）和曼-惠特尼U检验（Mann-Whitney U test）获得了133对潜在转录调控模体对,其中一些与已知具有相互作用的转录因子对吻合,且大部分为协同作用。对抽提的模体对在不同区域中的出现情况进行分析,发现模体对主要出现在“上游-上游”（95.5%）和“上游-内含子”（57.9%）区域。结果进一步支持了内含子参与转录调控的假设,并且推测上游与内含子之间具有转录协同作用。

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