甘蔗叶绿体DNA微卫星在禾本科中的进化分析

作者：吴杨 周会 李杨瑞甘蔗禾本科叶绿体微卫星进化

摘要：为开发甘蔗属内及近缘属叶绿体微卫星,或称简单重复序列（simple sequence repeat, SSR）分子标记,以甘蔗叶绿体 SSRs （chloroplast simple sequence repeats, cpSSRs）及其侧翼序列为参照,应用 BLAST 程序对18种禾本科植物进行多序列比对,分析甘蔗 cpSSR 在禾本科中的进化.结果表明,cpSSRs 及其两侧翼区域是进化过程中发生突变的热点区域,禾本科植物 cpSSRs 的数量在进化过程中处于动态变化的过程,但在亚科水平上保持动态平衡;在禾本科叶绿体基因组不同结构位置中反向重复序列（inverted repeat, IR）中的cpSSRs 在进化过程中稳定程度最高,小单拷贝（small single copy, SSC）中的 cpSSRs 稳定程度次之,大单拷贝（large single copy, LSC）中的 cpSSRs 稳定程度最低;编码区中 cpSSRs 的稳定性远远高于非编码区,非编码区为 cpSSRs 突变发生的主要区域;应用编码区 cpSSRs 信息构建系统进化树结果最为精确,在涉及亚科以上水平的进化分析时使用非编码区的 cpSSRs 信息可能会造成结果有误.

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